Il Museo della Basilica di sant’Eustorgio è composto da testimonianze monumentali e storico artistiche molto diverse fra loro ma di grande importanza nel contesto milanese, a partire dal cimitero Paleocristiano, che si trova sotto la navata della chiesa, dove fra il 1959 e il 1962 furono rinvenuti i resti di una necropoli tardo antica.
Del Museo fanno parte i due monumentali ambienti della Sala Capitolare e della Sacrestia Monumentale, costruita nel 1565
Il Museo parrocchiale di S. Eustorgio, adiacente alla Basilica, comprende la magnifica Cappella Portinari con affreschi di Vincenzo Foppa, le Cappelle Solariane, la Sacrestia monumentale, il cimitero paleocristiano